１３９系統も１３８系統同様元々は神奈中バスが運行していた上大岡駅〜小山台〜上大岡駅線（上３９系統）に後から市営バスが乗り入れてきた路線でした。そのため、こちらも相互乗り入れ開始からしばらくの間は市営バスと神奈中バスとで系統番号が異なる路線となっていました。小山台循環線の模様は「市営バスアルバム」の「少し昔の市営バス」を参照下さい。
その後本郷台駅まで路線は延長となり、神奈中バスも１３９系統を名乗るようになりました。
運行本数は１３８系統同様２００５年７月の時点では変わらず、全便が原則スロープ付きのバスというダイヤとなりました。そして２００６年３月２７日に神奈中バスに路線移譲されました。小山台地区の市営バスは神奈中バスが路線を新設し、市営が後から乗り入れ、そして今度は市営が撤退するという地域となりました。
路線移譲後は市営バスと神奈中バスとの乗り入れ運行時代は不等間隔だった運行ダイヤが整理され、日中はほぼ６０分間隔という等間隔の運行ダイヤとなりました。なお、路線移譲後も神奈中バスは１３９系統を名乗っています。
（写真は別ページで紹介します）