309系統は市が尾駅〜大丸〜都筑ふれあいの丘〜港北インター〜新横浜駅という路線でした。港北ニュータウン営業所の担当で、こちらも1時間に1本程度の運行の路線でした。 現在でも3系統が市が尾駅〜新横浜駅を走っていますが、309系統と同じルートは市が尾駅〜朝光寺前間だけでした。この路線の廃止と300系統からの撤退で新栄高校南口〜新横浜駅間から港北ニュータウン営業所は撤退しました。